8 декабря стало известно, что допинг-проба спортсмена, взятая на Играх, дала положительный результат на туаминогептан. 29 декабря Алоян подал апелляцию в CAS.
Из документов WADA, полученных хакерами Fancy Bear, стало известно, что положительный тест Алоян сдал 21 августа, во внесоревновательный период. Личный тренер боксера Эдуард Кравцов объяснял, что спортсмен простудился на сборе в Сочи и принял капли, разрешенные в тренировочном процессе. При рассмотрении дела в CAS выяснилось, что Алоян не оформлял документы на терапевтическое исключение, то есть не имел права на использование препарата.
Суд, рассмотрев апелляцию, принял решение отклонить ее и аннулировать результаты Алояна с 15 по 21 августа 2016 года. Таким образом, российский боксер лишился медали Игр в Рио-де-Жанейро.
11 мая 2017 года Алоян победил Ядера Кардосу единогласным решением судей в своем первом бою на профессиональном ринге.