41-летний специалист с 2010 года входит в тренерский штаб сборной России по плаванию. В 2023 году Шишин стал старшим тренером юниорской сборной России. Спустя год он принял пост старшего тренера основной сборной команды.
В числе его воспитанников олимпийский чемпион Евгений Рылов, серебряный призер Олимпийских игр в Токио Иван Гирев и множество чемпионов и рекордсменов мира, Европы и России.
