В 2012 году испанец стал спортивным директором «горожан» и с тех пор непременно работает в этой должности.
Именно он в 2016 году сыграл ключевую роль в приглашении на пост главного тренера Хосепа Гвардиолы, с которым вместе в качестве футбола играл в составе «Барселоны», потом там трудился спортивным директором, а Пеп был наставником каталонцев.
Сообщается, что Чики Бегиристайн лично примет участие в выборе своего преемника перед тем, как покинуть должность.