56-летний специалист заменил на этом посту Андрея Сосницкого.
Контракт Григоряна с краснодарским клубом рассчитан до конца текущего сезона.
В тренерский штаб также войдут Евгений Варламов, Хасан Мамтов и Юрий Шишкин.
«Кубань» занимает 15-е место в турнирной таблице РПЛ после 31 тура.
Григорян ранее возглавлял «Тамбов», «Луч», «Анжи», «Тосно» и «Химки».