21-летний защитник подписал долгосрочный контракт с армейским клубом до 2027 года.
Игрок заключил контракт с «Нижним Новгородом» в июле 2022 года. До этого воспитанник академии «Рубина» играл за «Нефтехимик» и «Спартак-2».
В текущем сезоне Илья Агапов сыграл за «Пари НН» в 13 матчах РПЛ и в трёх встречах Кубка России.
В ноябре Агапов был включен в окончательный состав сборной России на товарищеские матчи с Таджикистаном и Узбекистаном, но пока за национальную команду не дебютировал.