На этой должности Митрофанов сменил Александра Алаева, который в августе 2022 года был избран президентом российской Премьер-лиги.
Отмечается, что Алаев был утвержден в качестве вице-президента РФС и включен в бюро исполкома.
Митрофанов с 2015 года был заместителем председателя комитета по безопасности и работе с болельщиками и ответственным секретарем комитета программ развития футбола. В апреле 2019 года занял должность заместителя генерального секретаря — директора по развитию.