Филипенко является воспитанником БАТЭ. В 2008–2012 годах он был игроком московского «Спартака». За «красно-белых» он провел 22 матча и забил один гол.
⚡️Egor Filipenko left FC BATE Borisov pic.twitter.com/Mj7J5U6jeG
— FC BATE Borisov (@FCBATE) January 2, 2021
32-летний защитник также выступал за «Маккаби», «Сибирь», «Ашдод», «Малагу» и «Томь».