В сезоне-2018/19 красноярская команда выступала в РПЛ, где заняла последнее 16-е место и покинула элитный дивизион.
После окончания сезона главный тренер Дмитрий Аленичев покинул свой пост, команду возглавил Александр Алексеев.
«Томь» в прошедшем сезоне ФНЛ финишировала на третьем месте, но в переходных играх проиграла «Уфе» (1:0 и 0:2).