На 18-й минуте «аптекари» открыли счет благодаря точному удару Кая Хаверца.
Победную точку на 66-й минуте поставил Леон Бэйли.
«Байер», выигравший четвертый матч кряду в Бундеслиге, поднялся на пятое место в турнирной таблице (36 очков). «Фортуна» расположилась на 12-й строчке (25 очков).
На следующей неделе леверкузенцы сыграют с «Краснодаром» в ответной встрече 1/16 финала Лиги Европы.