Греческий клуб вышел вперёд на 32-й минуте, когда ворота Йонаса Омлина поразил Хосе Каньяс.
На 80-й минуте Александар Прийович удвоил преимущество ПАОКА. Отквитать один мяч швейцарцам удалось на 82-й минуте — гол забил Албиан Аети.
«Базель», как и ПАОК, в своём национальном чемпионате занял второе место.
Напомним, победитель этой пары в третьем квалификационном раунде встретится с московским «Спартаком».