Под руководством Мустафина «Мордовия» спустя год вернулась в Футбольную национальную лигу (ФНЛ), одержав победу в первенстве Профессиональной футбольной лиги (ПФЛ) в зоне «Урал-Поволжье» в сезоне-2017/18.
Марат Мустафин трудится в структуре клуба начиная с 2000 года (с учетом работы в детско-юношеской школе) и за это время успел поработать с большинством тренеров, что находились у руля главной команды .