34-летний испанец является воспитанником «Сосьедада», за который провел всю свою профессиональную карьеру. Прието дебютировал за «бело-голубых» в октябре 2003-го года и с тех отыграл 529 матчей, в которых забил 74 гола и отдал 51 результативную передачу.
Хавьер Прието занимает пятое место в истории клуба по количеству сыгранных матчей (530).