Тихонов возглавил «Енисей» в июне 2016 года. Под его руководством команда заняла третье место в первенстве ФНЛ, но проиграла в стыковых матчах за выход в РФПЛ тульскому «Арсеналу».
«Андрей Тихонов возглавит самарские "Крылья Советов", контракт тренера с "Енисеем" завершается 1 июня.
Самара не чужой город для Андрея Валерьевича, он играл в "Крыльях" и уже работал там тренером, это стало одной из причин, по которой он отказался от продлений контракта в Красноярске», — сообщил агентству «Р-Спорт» источник, знакомый с ситуацией.
«Крылья Советов» по итогам чемпионата России заняли 15-е место в таблице РФПЛ и вылетели в Футбольную национальную лигу (ФНЛ).
На протяжении карьеры игрока Тихонов выступал за «Крылья Советов» с 2000 по 2004 год.
Именно в самарской команде Тихонов начинал свою тренерскую карьеру — в 2008 году Тихонов стал играющим тренером в штабе Леонида Слуцкого, который возглавлял тогда «Крылья Советов».