На этом посту 54-летний специалист заменил Валерьена Исмаэля, под руководством которого «волки» проиграли пять из шести последних матчей в чемпионате Германии.
Контракт «Вольфсбурга» с Йонкером рассчитан до конца сезона-2017/2018.
Йонкер в 2012-2014 годах работал в «Вольфсбурге» помощником главного тренера, после чего в течение трех лет занимал должность главы юношеской академии лондонского «Арсенала».
«Вольфсбург» занимает 14-е место в турнирной таблице Бундеслиги после 22-х туров.