Контракт 20-летнего хавбека с российским клубом рассчитан до 30 июня 2020 года.
Натхо дебютировал в профессиональном футболе в составе «Дружбы» из Майкопа в 16 лет. В 2014 году заключил соглашение с испанской «Барселоной», где выступал в команде до 19 лет.
Летом 2015 года Натхо вернулся в Россию, подписав контракт с московским ЦСКА, где играл его родственник Бибрас. В основном составе красно-синих Амир провел один официальный матч в рамках Кубка России против «Байкала».
Отмечается, что Амир Натхо будет выступать за «Краснодар-2» в зоне «Юг» второго дивизиона.