В составе сборной Литвы Шишкаускас стал чемпионом Европы в 2003 году, выиграл бронзу олимпийского Сиднея в 2000-м и Евробаскета-2007.
Все клубы, в которых выступал литовский форвард, становились чемпионами своих стран. В коллекции Шишкаускаса есть золото первенств Литвы, Италии, Греции, пять титулов чемпиона России с армейцами.